כאשר באיירן מינכן הודיעה על החתמתו של חואן ברנאט, גבות רבות הורמו בבירת בוואריה, וטענות נסובו על כך שגווארדיולה מעלים את הצביון המקומי מהקבוצה ומוסיף עוד דלק לתקשורת המקומית אשר כבר מכנה את הקבוצה "באיירן אספניול".
לאחר שהות במחלקות הנוער של העטלפים מולנסיה, החל המגן והקיצוני השמאלי, בעודו רק בן 17, לשחק בקבוצת המילואים של המועדון. ביצועיו לא נעלמו מצוות האימון של קבוצת הבוגרים, שהיו מאוד מרוצים מהתקדמותו של המגן הצעיר. במהלך משחקי האימון בקיץ 2011, זומן למחנה האימונים של הקבוצה הבוגרת, כאשר בזמן המחנה גילה יכולת גבוהה שמזכה אותו גם בחולצת סגל הקבוצה הבוגרת לעונת המשחקים שנפתחה. בראיון לקראת פתיחת העונה נזכר בעצת הוריו: "כדי להישאר צנוע, תמיד צריך להישאר עם רגליים על הקרקע ולעבוד קשה". כבר במשחק הראשון של העונה ברנאט קיבל הזדמנות נדירה, כאשר פתח בהרכב הקבוצה. במהלך המשחק ברנאט הוחלף במחצית,כ שהוא מגלה יכולת ירודה שגררה ביקורות גדולות על הרכבתו המוקדמת בהרכב. אחרי משחק זה, ירד לקבוצת המילואים של העטלפים ורק אחרי חצי שנה חזר שוב לסגל הקבוצה הבוגרת.
בקיץ 2012 נמכר מגנה השמאלי של ולנסיה, ג'ורדי אלבה לברצלונה ובולנסיה סימנו את חואן כיורש מתאים לתפקיד, אולם ציפיות לחוד ומציאות לחוד, ובסוף חלון העברות רכשה ולנסיה את עלי סיסוקו, אשר אייש את התפקיד לאורך כל העונה. אך עונת 2013/14 הייתה כבר סיפור אחר מבחינתו של ברנאט, בעודו תופס את מקומו של סיסוקו בהרכב של העטלפים ולוקח את ההזדמנות בשתי רגליים. בסיום העונה, היכולת הגבוהה שגילה, יוצרת התעניינות רבה מצד הקבוצות הגדולות ביבשת ולבסוף זוהי באיירן מינכן אשר בוחרת להמר על הכישרון הצעיר בן ה-21. לפני שעזב את ספרד, במילות פרידה מולנסיה, מכריז ברנאט "אני נולדתי בולנסיה ואמות בולנסיה".
כאמור, ביולי 2014 חותם חואן במדי באיירן מינכן, כשהקבוצה מעיר התפוזים מקבלת עליו 10 מיליון יורו. "אני מאוד שמח על ההזדמנות לשחק במועדון העצום הזה. באיירן מינכן זה אחד המועדונים הגדולים באירופה ובעולם" אומר ברנאט בזמן הצגתו הנרגשת בקבוצה. אם בתחילת העונה שימש ברנאט כגיבוי לדויד אלאבה וההתאקלמות שלו בקבוצה היתה מפתיעה תוך כדי שהוא מנצל את פציעתו של האוסטרי, גם כשאלאבה היה כשיר, העדיף גווארדיולה לא להוריד את המגן לספסל ולתת לו לשחק בקישור. "הוא פשוט יוצא מן הכלל" מעיד עליו גוארדיולה: "הוא רץ 1,000 פעמים אחורה וקדימה, קדימה ואחורה. גם אותי הוא הצליח להפתיע". היכולת הגבוהה שמציג גורמת גם למאמן נבחרת ספרד, ויסנטה דל בוסקה לזמן אותו לסגל בנבחרת ואחרי הכישלון במונדיאל האחרון, מסומן ברנאט כאחד השחקנים המוכשרים של הדור החדש.
את עונתו השנייה בבירת בוואריה ברנאט כבר לא פותח כאלמוני, אלא כאחד מהשחקנים החשובים בקבוצה. המטרה העיקרית של באיירן מינכן היא לזכות באליפות רביעית ברציפות, אבל חשוב לא פחות לזכות בפעם השישית בליגת האלופות, לשם כך, מקווים במועדון, שהספרדי ישחזר את ביצועיו מהעונה הקודמת.
